AMICA: Ο μεγαλύτερος χάρτης του ανοσοποιητικού συστήματος
Το ανθρώπινοανοσοποιητικό σύστημα είναι ένα δίκτυο που αποτελείται από τρισεκατομμύρια κύτταρα που κυκλοφορούν συνεχώς σε όλο το σώμα. Το κυψελοειδές δίκτυο ενορχηστρώνει τις αλληλεπιδράσεις με κάθε όργανο και ιστό προκειμένου να πραγματοποιήσει μια σειρά από λειτουργίες. Αυτή η πολυπλοκότητα δυσκολεύει τους γιατρούς να προβλέψουν ποιοι ασθενείς θα ανταποκριθούν στις θεραπείες και ποιοι μπορεί να υποστούν εξουθενωτικές παρενέργειες. Για αυτό και συχνά οι φαρμακευτικές εταιρείες σταματούν να αναπτύσσουν φάρμακα που θα μπορούσαν να βοηθήσουν ορισμένους ασθενείς, διακόπτωντας τις κλινικές δοκιμές ακόμα και όταν δείχνουν πολλά υποσχόμενα αποτελέσματα για κάποιους ανθρώπους.
Τώρα, η Immunai, μια νεοσύστατη εταιρεία που αποτελείται από μια διεπιστημονική ομάδα, χαρτογράφησε το ανοσοποιητικό σύστημα σε κυτταρικό επίπεδο. Η εταιρεία δημιούργησε μια τεράστια βάση δεδομένων που ονομάζεται AMICA, η οποία περιλαμβάνει πολλαπλά στρώματα δεδομένων έκφρασης γονιδίων και πρωτεϊνών σε κύτταρα, καθώς και δεδομένα κλινικών δοκιμών, προκειμένου να επιλέγει τα φάρμακα που ταιριάζουν στον εκάστοτε ασθενή.
Χαρτογράφηση του ανοσοποιητικού συστήματος
Σύμφωνα με τον συνιδρυτή και διευθύνοντα σύμβουλο της Immunai, Νόαμ Σόλομον, το σημείο εκκίνησης τους ήταν η δημιουργία ενός χάρτη του ανοσοποιητικού συστήματος- κάτι αντίστοιχο με τους χάρτες της Google Maps. Αρχικά, ξεκίνησαν με την αλληλουχία μονοκυττάρου RNA. Στη συνέχεια, μέτρησαν την κυτταρική έκφραση και λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος. Ο στόχος ήταν να μάθουν περισσότερα τόσο για την πολυπλοκότητα όσο και για τη δυναμική της δραστηριότητας του ανοσοποιητικού συστήματος.
«Στη συνέχεια ξεκινήσαμε να συνεργαζόμαστε με φαρμακευτικές εταιρείες και νοσοκομεία για να δημιουργήσουμε τα ανοσοποιητικά συστήματα των ασθενών που υποβάλλονταν σε θεραπείες», πρόσθεσε.
Αυτό σημαίνει ότι χρησιμοποίησαν τα δεδομένα από νοσοκομεία, ακαδημαϊκά ερευνητικά ιδρύματα και φαρμακευτικές εταιρείες. Στόχος τους ήταν να αποκτήσουν μια καλύτερη εικόνα της δραστηριότητας του ανοσοποιητικού αναλύοντας πληροφορίες σχετικά με τα κύτταρα και τη λειτουργία τους.
Μια ολοκληρωμένη βάση δεδομένων
Αυτά τα δεδομένα και τα μοντέλα συνθέτουν την AMICA (Annotated Multiomic Immune Cell Atlas) «τη μεγαλύτερη κυτταρική βάση ανοσολογικής γνώσης στον κόσμο».
«Κοιτάμε το ανοσοποιητικό σύστημα γιατί αυτός είναι ο κοινός παρονομαστής. Είναι το μόνο σύστημα που εμπλέκεται σε κάθε ασθένεια, στην απόκριση του σώματος σε όλα όσα αντιμετωπίζουμε» σημείωσε ο ερευνητής.
«Στα προκλινικά μοντέλα ξέρουμε πώς να θεραπεύσουμε τον καρκίνο. Στους ανθρώπους, τις περισσότερες περιπτώσεις εξακολουθούμε να μην το κάνουμε» πρόσθεσε.
Ωστόσο, η Immunai ισχυρίζεται ότι οι αλγόριθμοί της ξεπερνούν τα κορυφαία σημεία αναφοράς στον εντοπισμό βασικών προκλινικών ανοσολογικών χαρακτηριστικών που συνδέονται με τα αποτελέσματα των ασθενών.
ΠΗΓΗ: Interesting Engineering
