Σύμφωνα με ανακοίνωση του πρόεδρου του του Συμβουλίου της Επικρατείας Μιχάλη Πικραμένου, η Ολομέλεια του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου, σε διάσκεψη έκρινε ομόφωνα ότι η ρύθμιση των σχετικών ζητημάτων με τη λειτουργία του Μητρώου Ελληνικών και Ξένων Μ.Κ.Ο. (παράγραφος 3 άρθρου 78 ν. 4939/2022) είναι σύμφωνη με το άρθρο 43 παρ. 2 του Συντάγματος με την οποία προβλέπεται η έκδοση κανονιστικών Προεδρικών Διαταγμάτων, ενώ αντίθετα έκρινε, κατά πλειοψηφία, ότι η ρύθμιση (παράγραφος 5 άρθρου 78 ν. 4939/2022) σχετικά με την λειτουργία του Μητρώου Μελών Μ.Κ.Ο., αντίκειται στο Σύνταγμα (άρθρο 43 παρ. 2 εδ. β΄).
Και αυτό, γιατί «παρέχεται εξουσιοδότηση για την έκδοση απόφασης του υπουργού Μετανάστευσης και Ασύλου σχετικά με τη ρύθμιση των εν λόγω ζητημάτων, χωρίς να περιέχεται στον νόμο η βασική ουσιαστική ρύθμιση σχετικά με τις προϋποθέσεις εγγραφής και πιστοποίησης των ενδιαφερομένων προσώπων στο Μητρώο Μελών Μ.Κ.Ο.».
Επίσης, κρίθηκε από την Ολομέλεια του ΣτΕ, ότι αντίκεινται στο δικαίωμα του συνεταιρίζεσθαι και έχουν τεθεί εκτός εξουσιοδότησης η ρύθμιση του άρθρου 3 παρ. 4 εδ. τελευταίο της υπουργικής απόφασης 82876/8.5.2026, σύμφωνα με την οποία ο Γενικός Γραμματέας Υποδοχής Αιτούντων ‘Ασυλο «διατηρεί το δικαίωμα, κατά συνεκτίμηση στοιχείων που αφορούν τη δράση των υπό εγγραφή φορέων και κατά τη διακριτική του ευχέρεια, να απορρίψει ή να κάνει δεκτή την αίτηση εγγραφής στο Μητρώο». Ακόμη, η ίδια νομοθετική ρύθμιση κρίθηκε (με μειοψηφία), ότι αντίκειται στις αρχές της ασφάλειας δικαίου και της προβλεψιμότητας.
Τέλος, η Ολομέλεια αποφάσισε να στείλει προδικαστικό ερώτημα στο Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης (Δ.Ε.Ε.) για το αν είναι σύμφωνο προς το άρθρο 12 του Χάρτη Θεμελιωδών Δικαιωμάτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης, των σχετικών νομοθετικών ρυθμίσεων με τις οποίες τίθεται ως προϋπόθεση για την εγγραφή οργανώσεως στο Μητρώο μελών Μ.Κ.Ο.:
Α) η μη άσκηση ποινικής δίωξης σε βάρος των φυσικών προσώπων που ασκούν τη διοίκηση ή/και είναι νόμιμοι εκπρόσωποί της για οποιοδήποτε κακούργημα και
Β) η μη ύπαρξη εις βάρος των εν λόγω προσώπων τελεσίδικης καταδικαστικής απόφασης για το πλημμέλημα της συκοφαντικής δυσφήμησης.
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει Μ.Κ.Ο. υποστηρίζοντας ότι είναι αντισυνταγματική και μη νόμιμη η τήρηση και λειτουργία του «Μητρώου Ελληνικών και Ξένων Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων (Μ.Κ.Ο.)» και του «Μητρώου Μελών Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων (Μ.Κ.Ο.)» που δραστηριοποιούνται σε θέματα διεθνούς προστασίας, μετανάστευσης και κοινωνικής ένταξης εντός της Ελληνικής Επικράτειας.
